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苹果手机短信在已读的情况下仍然出现未读标志可能有以下几种原因。
1、短信可能是在其他设备上阅读的，例如电脑端的iMessage或者iPad上的信息应用，如果在其他设备上开启了信息同步，那么即使短信已经被阅读，在手机端仍然会显示未读标志。
2、可能是系统的问题导致短信出现延迟或错误显示，可以尝试重启手机或者还原所有设置来解决这个问题。
3、如果使用了某些短信应用或者插件，可能会影响短信的正常显示，可以尝试关闭这些应用或插件，或者卸载并重新安装它们。
如果以上方法都无法解决问题，建议备份手机数据并尝试恢复系统默认设置，如果问题仍然存在，建议联系苹果官方客服或者前往苹果专卖店寻求帮助。